Действие игры представляет крупномасштабную военную операцию по взятию ЧАЭС под свой контроль под кодовым названием "Фарватер". Однако план проваливается - большинство вертолётов разведки оказывается уничтожено. Для того, чтобы узнать причину такого фиаско, Служба Безопасности Украины направляет своего агента Александра Дегтярева в центр Зоны. Первостепенной задачей Дегтярева является поиск пяти пропавших вертолётов, в каждом из которых содержится часть некой важной информации. В игре будут присутствовать три группировки — "Долг", "Свобода", "Бандиты". Присоединяться к какой-либо группировке невозможно, однако возможно сотрудничать или враждовать с ними.